「ちょっと後ろ通るね」を英語で

Excuse me. だけでも通じます。
Behind youは言い方によって意味が変わるので、Behind you!というと「危ない、気を付けろ」のようになり、ゆっくり伸ばしたトーンで言うと「後ろを通ります」のようになります。
言い方が区別できない場合は、Let me pass behind you.（後ろを通してね）のように言う事ができます